日本語 Amber Tutorials

ここではamber tutorialの日本語訳を掲載します。本来のtutorialはbasic、advanced、analysis_specificに分けてあるけれど全部のtutorialを訳す予定は無いので当面は一カ所に載せます。私が必要としたものだけを載せますから後は別の所を探してください。

(Note:このチュートリアルはamberのソフトをシミュレーションに使うのに適当な時間内で簡単なパソコンで実行出来る例を提供する。従って、それらは特殊なアプリケーション分野での最適のパラメーターや方法を提供するものではない。)

Reference Material and Information Sources

日本語 Tutorials

TUTORIAL B4: Simulating a pharmaceutical compound using antechamber and the Generalized Amber Force Field.

sustiva AntechamberはAmberとセットで送付されるツールセットで、有機分子の"prep"を作成しLEaPで読み込んでprmtopとinpcrdファイルを作れるようにする。Antechamber suiteは"general AMBER force field (GAFF)"とともに使用するようにデザインされており、有機医薬化合物やその他の有機分子を含むシミュレーションに理想的である。このチュートリアルではBMS's HIVの逆転写酵素阻害剤sustiva (efavirenz)のleap inputファイルを作成するためにいantechamberを用いる。その後 HIV-RTに結合したsustivaのシミュレーションをセットアップする。 (Ukrainian translation)

By Ross Walker and Sishi Tang
 

CPPTRAJ tutorials

以下の二つのチュートリアルは MD simulationの結果をCPPTRAJで分析することに焦点をあてている。

TUTORIAL C0: An Introduction to CPPTRAJ

このチュートリアルはCPPTRAJを用いてtrajectory分析をするための基本的なイントロダクションを示している。従って topologies と trajectoriesをロードし, dataを処理し, さらにdata setsを使うためにCPPTRAJをinteractively もしくは batchmodeで作業することを解説している。

By Daniel R. Roe

TUTORIAL C1: RMSD Analysis in CPPTRAJ

このチュートリアルはCPPTRAJを用いてtRMSD計算をするための基本的なイントロダクションを示している。従ってreference structuresをロードし、異なるtopologiesを持つreferencesに対するRMSDを計算することもカバーしている。

By Daniel R. Roe

Advanced Tutorials

TUTORIAL A8: Loop Dynamics of the HIV-1 Integrase Core Domain

MCPB toc image

このチュートリアルではProf Matt Lee's research projectsの一つを段階的に説明する。
HIV-1 integrase enzymeのcore domainをシミュレートをセットアップ、実行、結果の分析を行う。

By Matt Lee 

TUTORIAL A20: Metal Center Parameter Builder (MCPB) Tutorial

MCPB toc image

このチュートリアルではmetal center parameter builder (MCPB)のワークフローを描き、タンパク質のメタルサイト結合モデルのパラメーター作成を半自動的に行える助けとする。オーバーオールの速度と正確さのバランスをとるためにsidechain modelを使用し原子間結合と結合角パラメーターを決め、一方large modeを使いpoint chargeを決める。ここではAMBER force field parameterization philosophyに従って作業するので、最終のパラメーターはAMBER force fieldsに適合する。

By Pengfei Li & Kenneth M. Merz Jr. 

Implicit solvation free energies

TUTORIAL A3: MM-PBSA

RAS-RAF complex

このチュートリアルではmm_pbsa scriptを用いて、段階的にRAS-RAFタンパク質複合体の結合エネルギーを計算することを説明する。さらに、mmpbsa_py script (Amber11)の説明も含んでいる。

By Ross Walker & Thomas Steinbrecher
 

TUTORIAL A24: FEW

RAS-RAF complex

このチュートリアルではFree Energy Workflow tool FEWの機能を説明する。タンパク質ファクターXaの阻害剤のサンプルデータセットを用いて、FEWが如何に簡単にMDシミュレーション、MM-PB(GB)SAによる結合自由エネルギーの計算、同じ受容体に対する複数のリガンドの結合に関するlinear interaction energy (LIE)、thermodynamic integration (TI) methodの準備をするかを示している。FEWは、AMBERによる結合自由エネルギー計算の準備を効率的にし実行する。   

By Nadine Homeyer & Holger Gohlke